Στο Τμήμα Ένταξης φοιτούν μαθητές με αναπηρία ή με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες, για ορισμένες μόνο ώρες την εβδομάδα. Πρόκειται στην πλειοψηφία τους για μαθητές με μαθησιακές δυσκολίες, προβλήματα συμπεριφοράς και χαμηλή σχολική επίδοση.
Στα Τμήματα Ένταξης μπορούν να φοιτούν και μαθητές με γνωμάτευση από διαγνωσιτκό φορέα (ΙΠΔ, ΚΕΔΔΥ), αλλά και χωρίς μετά από Υπεύθυνη Δήλωση – Αίτηση του γονέα και τη σύμφωνη γνώμη του σχολικού συμβούλου Ειδικής Αγωγής.
Η διδασκαλία στο Τμήμα Ένταξης μπορεί να γίνεται «ένας προς έναν» μεταξύ εκπαιδευτικού και μαθητή ή να λαμβάνει χώρα σε ολιγομελείς ομάδες μαθητών. Οι μαθητές που φοιτούν στο Τμήμα Ένταξης είναι σαφώς λιγότεροι σε αριθμό από αυτούς της Γενικής Τάξης, ενώ οι
ρυθμοί διδασκαλίας και μάθησης είναι πιο χαλαροί και πιο αργοί. Στο Τμήμα Ένταξης χρησιμοποιούνται πάρα πολλά εποπτικά μέσα και εναλλακτικοί τρόποι μάθησης, όπως παιδαγωγικό παιχνίδι, δραματοποίηση, μάθηση με υπολογιστή, κλπ.